Thông thường mùa mưa kéo dài 6 tháng, bắt đầu vào đầu tháng 5 đến hết tháng 10. Mưa kéo dài cùng với nước lũ dâng cao làm ngập úng nhiều vườn cây, làm cho rễ cây bị hư do thiếu oxy, ngộ độc… Tình trạng này nếu kéo dài sẽ làm cho sức khỏe của cây suy giảm nghiêm trọng và chết hàng loạt.
- Nếu gặp mưa lũ kéo dài, vườn cây bị ngập úng, cần nhanh chóng bơm hết nước ra ngoài bờ bao để tránh không cho vườn cây bị ngập kéo dài.
- Không nên bón nhiều phân đạm trong mùa mưa vì sẽ dễ kích thích cây ra đọt non, và khi vườn cây bị ngập úng sẽ tiêu hao nhiều dinh dưỡng, làm cho cây dễ bị suy yếu. Hạn chế bón phân hóa học trong giai đoạn này, nếu cấn thiết cỏ thể phun phân bón lá. Và cũng không nên bón phân hữu cơ, vì phân hữu cơ sẽ làm cho các vi sinh vật trong đất hoạt động mạnh, tiêu hao nhiều oxy và khi đất bị ngập úng thì rễ cây sẽ không có đủ oxy để hô hấp.
- Cắt tỉa bớt các cành vô hiệu, chồi vượt để hạn chế tiêu hao chất dinh dưỡng.
- Hạn chế đi lại nhiều trong vườn trong mùa mưa vì vừa làm cho cây bị lay động gốc, rễ non bị đứt, nấm bệnh có điều kiện xâm nhập gây thối rễ, vừa làm cho đất ít kết chặt lại.
- Nước mưa rất thích hợp cho nấm phát triển mạnh. Nên chủ động phòng trừ nấm bệnh phát triển. Nếu để nấm tấn công phát triển mạnh sẽ có nguy cơ phát triển thànhh dịch.
- Hạn chế làm cỏ hoặc phun thuốc diệt cỏ trong mùa mưa vì cỏ là những bơm sinh học làm tầng đất sâu mau khô ráo, hạn chế bị đóng váng.
- Để chống lại các bệnh trên chồi non, hoa và trái, cần tỉa cành cho vườn thông thoáng, phun thuốc gốc đồng, nếu có điều kiện nên bao trái.
- Ngoài ra còn phải thực hiện chăm sóc vườn đúng qui trình kỹ thuật, nhằm giúp cho cây trồng phát triển khỏe; trong đó quan trọng là bảo vệ cho bộ rễ của cây ít bị tổn thương nhất, giúp cây trồng có khả năng chống chịu với những bất lợi trong mùa mưa lũ, cây trồng sẽ phục hồi lại sau khi nước rút.